Table 2 Distribution of the genome-mapped sequence reads in small RNA libraries
Locus class | MDSC-P | MDSC-D1 | MDSC-D3 | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
Unique sRNAs | Total sRNAs | Unique sRNAs | Total sRNAs | Unique sRNAs | Total sRNAs | |
Total | 106806 (100Â %) | 5871055 (100Â %) | 68492 (100Â %) | 5922188 (100Â %) | 66603 (100Â %) | 5935963 (100Â %) |
miRNA | 3056 (2.86Â %) | 4844028 (82.51Â %) | 2328 (3.40Â %) | 4850321 (81.90Â %) | 2483 (3.73Â %) | 5051419 (85.10Â %) |
exon_antisense | 473 (0.44Â %) | 1428 (0.02Â %) | 164 (0.24Â %) | 410 (0.01Â %) | 141 (0.21Â %) | 467 (0.01Â %) |
exon_sense | 5111 (4.79Â %) | 7313 (0.12Â %) | 3167 (4.62Â %) | 4056 (0.07Â %) | 2892 (4.34Â %) | 3564 (0.06Â %) |
intron_antisense | 2759 (2.58Â %) | 4632 (0.08Â %) | 899 (1.31Â %) | 1355 (0.02Â %) | 874 (1.31Â %) | 1201 (0.02Â %) |
intron_sense | 4057 (3.80Â %) | 7573 (0.13Â %) | 1823 (2.66Â %) | 2844 (0.05Â %) | 1337 (2.01Â %) | 2175 (0.04Â %) |
rRNA | 9082 (8.50Â %) | 64109 (1.09Â %) | 9408 (13.74Â %) | 79061 (1.33Â %) | 9454 (14.19Â %) | 108407 (1.83Â %) |
repeat | 7322 (6.86Â %) | 15735 (0.27Â %) | 2490 (3.64Â %) | 4508 (0.08Â %) | 2208 (3.32Â %) | 4167 (0.07Â %) |
scRNA | 104 (0.10Â %) | 1025 (0.02Â %) | 120 (0.18Â %) | 2064 (0.03Â %) | 134 (0.20Â %) | 2295 (0.04Â %) |
snRNA | 591 (0.55Â %) | 2554 (0.04Â %) | 461 (0.67Â %) | 2024 (0.03Â %) | 332 (0.50Â %) | 1454 (0.02Â %) |
snoRNA | 583 (0.55Â %) | 1666 (0.03Â %) | 568 (0.83Â %) | 1496 (0.03Â %) | 487 (0.73Â %) | 1374 (0.02Â %) |
srpRNA | 66 (0.06Â %) | 134 (0.00Â %) | 100 (0.15Â %) | 175 (0.00Â %) | 85 (0.13Â %) | 312 (0.01Â %) |
tRNA | 5712 (5.35Â %) | 48058 (0.82Â %) | 3893 (5.68Â %) | 29959 (0.51Â %) | 4428 (6.65Â %) | 35856 (0.60Â %) |
unann | 67890 (63.56Â %) | 872800 (14.87Â %) | 43071 (62.88Â %) | 943915 (15.94Â %) | 41748 (62.68Â %) | 723272 (12.18Â %) |