Skip to main content

Table 2 Distribution of the genome-mapped sequence reads in small RNA libraries

From: Effect of differentiation on microRNA expression in bovine skeletal muscle satellite cells by deep sequencing

Locus class MDSC-P MDSC-D1 MDSC-D3
Unique sRNAs Total sRNAs Unique sRNAs Total sRNAs Unique sRNAs Total sRNAs
Total 106806 (100 %) 5871055 (100 %) 68492 (100 %) 5922188 (100 %) 66603 (100 %) 5935963 (100 %)
miRNA 3056 (2.86 %) 4844028 (82.51 %) 2328 (3.40 %) 4850321 (81.90 %) 2483 (3.73 %) 5051419 (85.10 %)
exon_antisense 473 (0.44 %) 1428 (0.02 %) 164 (0.24 %) 410 (0.01 %) 141 (0.21 %) 467 (0.01 %)
exon_sense 5111 (4.79 %) 7313 (0.12 %) 3167 (4.62 %) 4056 (0.07 %) 2892 (4.34 %) 3564 (0.06 %)
intron_antisense 2759 (2.58 %) 4632 (0.08 %) 899 (1.31 %) 1355 (0.02 %) 874 (1.31 %) 1201 (0.02 %)
intron_sense 4057 (3.80 %) 7573 (0.13 %) 1823 (2.66 %) 2844 (0.05 %) 1337 (2.01 %) 2175 (0.04 %)
rRNA 9082 (8.50 %) 64109 (1.09 %) 9408 (13.74 %) 79061 (1.33 %) 9454 (14.19 %) 108407 (1.83 %)
repeat 7322 (6.86 %) 15735 (0.27 %) 2490 (3.64 %) 4508 (0.08 %) 2208 (3.32 %) 4167 (0.07 %)
scRNA 104 (0.10 %) 1025 (0.02 %) 120 (0.18 %) 2064 (0.03 %) 134 (0.20 %) 2295 (0.04 %)
snRNA 591 (0.55 %) 2554 (0.04 %) 461 (0.67 %) 2024 (0.03 %) 332 (0.50 %) 1454 (0.02 %)
snoRNA 583 (0.55 %) 1666 (0.03 %) 568 (0.83 %) 1496 (0.03 %) 487 (0.73 %) 1374 (0.02 %)
srpRNA 66 (0.06 %) 134 (0.00 %) 100 (0.15 %) 175 (0.00 %) 85 (0.13 %) 312 (0.01 %)
tRNA 5712 (5.35 %) 48058 (0.82 %) 3893 (5.68 %) 29959 (0.51 %) 4428 (6.65 %) 35856 (0.60 %)
unann 67890 (63.56 %) 872800 (14.87 %) 43071 (62.88 %) 943915 (15.94 %) 41748 (62.68 %) 723272 (12.18 %)